Закончил биолого-почвенный факультет МГУ имени М.В. Ломоносова в 1971 году.
В 1975 году защитил в МГУ кандидатскую, а в 1987 году – докторскую диссертацию.
В 1997 году ему присвоено ученое звание «профессор». С 1971 года он работал в Пущинском Научном Центре Биологических исследований Российской Академии Наук.
В течение ряда лет преподавал в различных университетах мира, в частности, в Корнельском Университете (США), Сеульском Национальном Университете (Корея), Королевском Бангкокском Технологическом Университете (Таиланд), МГУ имени М.В. Ломоносова (Россия). В настоящее время главный научный сотрудник ООО «Газпром ВНИИГАЗ».
Научные интересы профессора В.Н.Башкина включают вопросы системного анализа, геоэкологического риска, трансграничного переноса загрязняющих веществ.
Им опубликовано более 30 книг в отечественных и зарубежных издательствах, он автор и соавтор более 150 научных статей, опубликованных в ведущих научных журналах.
Под его руководством защищено 5 докторских и 15 кандидатских диссертаций в различных странах мира.
Профессор В.Н. Башкин – член редколлегии 5 международных журналов.
В течение ряда лет был заместителем председателя Рабочей Группы по Воздействиям (научного комитета) Конвенции ООН по Трансграничному загрязнению воздуха на большие расстояния.